Lotimi është një nga detyrat kryesore të menaxhimit për bimët bonsai. Lotimi duket i thjeshtë, por nuk është e lehtë ta ujitësh siç duhet. Lotimi duhet të kryhet sipas specieve të bimës, ndryshimeve sezonale, periudhës së rritjes, periudhës së lulëzimit, periudhës së qetësisë dhe kushteve të motit të bimës. Zotërimi i kohës dhe sasisë së lotimit është shumë i rëndësishëm për rritjen e bimëve. Vdekja e disa bimëve bonsai lidhet drejtpërdrejt me lotim të papërshtatshëm.

Përveç furnizimit me ujë dhe lëndë ushqyese të bimëve në vazo, dheu i vazos gjithashtu siguron që bimët të marrin ajër normalisht. Kur dheu i vazos ka lagështi të mjaftueshme, grimcat e dheut zgjerohen, duke shtrydhur ajrin në boshllëqet midis grimcave, duke shkaktuar mungesë ajri në dheun e vazos; kur dheu i vazos është i thatë ose relativisht i thatë, grimcat e dheut tkurren, vëllimi bëhet më i vogël dhe boshllëqet midis grimcave shfaqen përsëri. Boshllëqet mbushen me ajër.

Ndërsa toka ndryshon nga e thatë në të lagësht, ajri në tokën e vazos qarkullon vazhdimisht, duke i lejuar rrënjët e bimëve të marrin frymë normalisht. Pas çdo lotimi, rrënjët e bimës do të jenë në gjendje të tolerojnë mungesën e oksigjenit në tokën e vazos brenda një periudhe të shkurtër kohore. Megjithatë, nëse toka e vazos është shumë e lagësht për një kohë të gjatë, duke rezultuar në mungesë afatgjatë të oksigjenit, kjo do të shkaktojë erozion të rrënjëve dhe sëmundje të tjera; Nëse toka është e thatë për një kohë të gjatë, megjithëse ka oksigjen të mjaftueshëm në tokën e vazos, bimët nuk mund të thithin ujë për një kohë të gjatë, gjë që është gjithashtu e dëmshme për rritjen e bimëve dhe madje mund të shkaktojë vdekjen e tyre. Prandaj, kur ujiten bimët bonsai, duhet të ndiqet parimi "mos i ujitni kur janë të thata, ujitini me bollëk".

Lotimi i pamjaftueshëm dhe dehidratimi i bimëve do të bëjnë që degëzat të vyshken dhe të varen, ndërsa gjethet të vyshken, të zverdhen dhe të bien. Në rastin e specieve halore, gjilpërat do të zbuten dhe do të humbasin ndjesinë e tyre të fortë dhe me gjemba. Kur mungesa e ujit është e madhe, korteksi i degëzave tkurret si gunga. Nëse hasni këtë situatë gjatë verës, duhet ta zhvendosni menjëherë bimën në një vend me hije. Pasi të bjerë temperatura, së pari spërkatni gjethet me ujë, pastaj hidhni pak ujë në vazo dhe më pas derdhni ujin me kujdes pas një ore.

Për bimët shumë të dehidratuara, sigurohuni që të mos ujitni mjaftueshëm menjëherë, sepse kur bima është shumë e dehidratuar, korteksi i rrënjës është tkurrur dhe është afër ksilemës. Nëse furnizohet papritmas një sasi e madhe uji, sistemi rrënjor do të zgjerohet për shkak të thithjes së shpejtë të ujit, duke shkaktuar këputjen e korteksit, duke çuar në vdekjen e bimës, kështu që duhet të ketë një proces gradual adaptimi. Pasi bimët që kanë mungesë serioze uji i nënshtrohen trajtimit të mësipërm, është mirë që ato të mbahen nën një strehë me hije për disa ditë dhe pastaj të kultivohen në diell pasi të jenë forcuar. Megjithatë, mos e teproni me ujin. Përveç rritjes së pjerrët të bimëve, duke ndikuar në formën e pemës dhe vlerën zbukuruese, ujitja e tepërt mund të shkaktojë lehtësisht kalbje dhe vdekje të rrënjëve. Vazot miniaturë të bonsait kërkojnë më pak tokë, kështu që është veçanërisht e rëndësishme t'i ujitni ato në kohën e duhur dhe në sasinë e duhur.