Lotim është një nga detyrat kryesore të menaxhimit për bimët bonsai. Lotim duket i thjeshtë, por nuk është e lehtë të ujitet siç duhet. Lotim duhet të kryhet sipas specieve të bimës, ndryshimeve sezonale, periudhës së rritjes, periudhës së lulëzimit, periudhës së gjumit dhe kushteve të motit të bimës. Zotërimi i kohës dhe sasisë së ujitjes është shumë i rëndësishëm për rritjen e bimëve. Vdekja e disa bimëve bonsai lidhet drejtpërdrejt me lotimin e gabuar.

Përveç furnizimit me ujë dhe lëndë ushqyese për bimët në vazo, toka e vazove gjithashtu ruan frymëmarrjen normale të ajrit të bimëve. Kur toka e tenxhere ka lagështi të mjaftueshme, grimcat e tokës zgjerohen, duke shtrydhur ajrin në boshllëqet midis grimcave, duke shkaktuar mungesë ajri në tokën e tenxhere; kur toka e tenxhere është e thatë ose relativisht e thatë, grimcat e tokës tkurren, vëllimi bëhet më i vogël dhe boshllëqet midis grimcave shfaqen përsëri. Boshllëqet janë të mbushura me ajër.

Ndërsa toka ndryshon ndërmjet të thatë dhe të lagësht, ajri në tokën e tenxhere gjithashtu qarkullon vazhdimisht, duke i lejuar rrënjët e bimëve të marrin frymë normalisht. Pas çdo ujitjeje, rrënjët e bimës do të mund të tolerojnë mungesën e oksigjenit në tokën e vazos brenda një periudhe të shkurtër kohore. Megjithatë, nëse toka e tenxhere është shumë e lagësht për një kohë të gjatë, duke rezultuar në mungesë afatgjatë të oksigjenit, do të shkaktojë erozion të rrënjëve dhe sëmundje të tjera; Nëse toka është e thatë për një kohë të gjatë, megjithëse ka oksigjen të mjaftueshëm në tokën e vazos, bimët nuk mund të thithin ujë për një kohë të gjatë, gjë që është gjithashtu e dëmshme për rritjen e bimëve dhe madje mund të shkaktojë vdekjen e tyre. Prandaj, gjatë ujitjes së bimëve bonsai, duhet të ndiqet parimi "mos i ujisni kur janë tharë, ujitini tërësisht".

Lotimi i pamjaftueshëm dhe dehidratimi i bimëve do të bëjë që degëzat të veniten dhe të ulen, dhe gjethet të thahen, të zverdhen dhe të bien. Në rastin e specieve halore, gjilpërat do të bëhen të buta dhe do të humbasin ndjesinë e tyre të fortë dhe gjemba. Kur mungesa e ujit është e rëndë, korteksi i degëve tkurret si gunga pate. Nëse e hasni këtë situatë gjatë verës, duhet ta zhvendosni menjëherë bimën në një vend me hije. Pasi të bjerë temperatura, fillimisht spërkatni gjethet, më pas hidhni pak ujë në tenxhere dhe më pas derdhni ujin tërësisht pas një ore.

Për bimët me dehidratim të rëndë, sigurohuni që të mos ujisni mjaftueshëm menjëherë, sepse kur bima dehidrohet shumë, korteksi i rrënjës është tkurrur dhe është afër ksilemës. Nëse një sasi e madhe uji furnizohet papritur, sistemi rrënjor do të zgjerohet për shkak të përthithjes së shpejtë të ujit, duke shkaktuar këputjen e korteksit, duke çuar në vdekjen e bimës, kështu që duhet të ketë një proces gradual përshtatjeje. Pasi bimët që kanë mungesë serioze uji i nënshtrohen trajtimit të mësipërm, është mirë që ato të ruhen për disa ditë në një strehë hije dhe më pas t'i kultivoni në diell pasi të jenë forcuar. Megjithatë, mos e teproni me ujë. Përveçse shkakton rritjen e pjerrët të bimëve, duke ndikuar në formën e pemës dhe vlerën zbukuruese, lotimi i tepërt gjithashtu mund të shkaktojë lehtësisht kalbjen e rrënjëve dhe vdekjen. Vazot me bonsai në miniaturë kërkojnë më pak tokë, ndaj është veçanërisht e rëndësishme që ato të ujiten në kohën e duhur dhe në sasinë e duhur.